Malcolm D. Lee a commencé à faire des films à l'âge de 12 ans. Il a entamé sa carrière professionnelle à 17 ans à différents postes allant d'assistant de production à apprenti monteur, associé au casting, ou même assistant réalisateur. Après avoir décroché sa licence d'anglais et de beaux-arts à Georgetown University en 1992, il a obtenu une bourse qui lui a permis de passer un an en formation d'écriture scénaristique aux Disney Studios. Après ses premières expériences à Hollywood, il est entré à la Tisch School of the Arts de la New York University, où il a perfectionné ses talents de scénariste et de réalisateur. Il y a réalisé un court métrage à partir de son scénario "Morningside Prep" qui a obtenu plusieurs prix, dont deux du Black Filmmaker's Hall of Fame. Malcom cousin de Spike Lee fait ses débuts de réalisateur au cinéma avec The Best Man, un film dans lequel il dirigeait Taye Diggs, Nia Long, Morris Chestnut et Sanaa Lathan, a rencontré un accueil enthousiaste de la part de la critique comme du public et s'est classé à la première place du box-office en octobre 1999. Malcolm D. Lee a ensuite connu un nouveau succès avec la comédie Undercover Brother, avec Eddie Griffin.